Articles de l'auteur

La bioinformatique avec Biopython

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
HS n°
Numéro
73
Mois de parution
juillet 2014
Spécialité(s)
Résumé

Pour faire face aux défis de la biologie, la bioinformatique propose des modules qui permettent de rendre accessibles des fonctions basiques et avancées d’analyse de données. Les données traitées sont en général des séquences d'ADN qu’il s’agira d’identifier, d’aligner et d'analyser grâce à la littérature scientifique. Les formats les plus utilisés en bioanalyse, comme les formats FASTA et GenBank demeurent par certains aspects difficiles à manipuler. Nous vous proposons un didacticiel qui introduira les fonctions de Biopython, un module Python dédié à la manipulation de données biologiques dans le cadre de l’analyse complète d’une séquence d’ADN.

Vispy : visualisation interactive haute performance

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
HS n°
Numéro
73
Mois de parution
juillet 2014
Spécialité(s)
Résumé

Vispy est une nouvelle librairie open source de visualisation haute performance en Python. Basée sur l'interface graphique libre OpenGL, Vispy permet au scientifique d'exploiter toute la puissance du processeur graphique (GPU) pour la visualisation interactive de gros volumes de données 2D et 3D.

Approche détaillée des futex (partie 1/4)

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
173
Mois de parution
juillet 2014
Spécialité(s)
Résumé

À l'origine, à travers les sémaphores des outils de communication inter-processus (IPC), System V, Unix et par la suite Linux offraient des mécanismes de synchronisation assez lourds en termes de performance. Ces derniers ont peu à peu cédé la place à la notion de futex, issue des travaux de H. Franke, R. Russel et M. Kirkwood [1]. Linux propose ce mécanisme à partir de sa version 2.5.7.Déjà introduit en 2008 dans la rubrique « Kernel Corner » du numéro 106 de ce magazine, cette série d'articles propose un retour plus détaillé sur les futex, afin de comprendre leur efficacité, d'appréhender le code source du noyau Linux qui les implémente et des librairies open source qui les utilisent. De plus, depuis 2008, les futex proposent des opérations supplémentaires qui seront étudiées ici.

Pourquoi utiliser HTTP pour interfacer des circuits numériques ?

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
173
Mois de parution
juillet 2014
Spécialité(s)
Résumé
Depuis quelques années, Diamond publie des articles sur le VHDL, les entrailles de GHDL, JavaScript, les serveurs HTTP et bien d'autres sujets connexes. Nous arrivons lentement à un point de convergence, où nous disposerons enfin d'une interface entre les différents langages (C, VHDL, JavaScript). Nous poursuivons ici la description et la conception d'un protocole simple basé sur HTTP, appelé HTTaP, qui permettra de contrôler un circuit numérique, simulé ou physique. Comme JavaScript peut effectuer des requêtes HTTP, cela ouvre la voie à des méthodologies de conception et de vérification mixtes, à la fois manuelles et automatiques, matérielles et logicielles.

Découvrir et apprendre le langage Arduino

Magazine
Marque
Hackable
Numéro
1
Mois de parution
juillet 2014
Spécialité(s)
Résumé
Une carte Arduino est une sorte d'ordinateur miniature très simpliste et comme tout ordinateur celle-ci se programme. Le composant principal de l'Arduino, le microcontrôleur, exécute des programmes que vous avez écrits en utilisant un langage particulier. Nous allons découvrir maintenant à quoi ressemble ce langage, comment l'utiliser et apprendre à ordonner à l'Arduino ce qu'il doit faire.

HTTaP : Un protocole de contrôle basé sur HTTP

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
173
Mois de parution
juillet 2014
Spécialité(s)
Résumé
Le précédent article a présenté un cahier des charges pour HTTaP (un protocole de contrôle basé sur HTTP) et les logiciels correspondants (clients et serveurs). Ici, nous prenons le temps de lire les standards pour définir les mécanismes nécessaires, assurer la compatibilité et choisir la meilleure approche technique. Avant de coder tête baissée, c'est maintenant inévitable : nous devons examiner les RFC.

Quel avenir pour PHP ?

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
172
Mois de parution
juin 2014
Spécialité(s)
Résumé
Depuis quelques temps, dans la sphère PHP, on parle avec beaucoup d'enthousiasme de Hack, l'implémentation à la sauce Facebook de PHP. Certains y voient une véritable révolution pour ce langage. Qu'en est-il vraiment ? Hack est-il l'avenir de PHP ? Y a-t-il d'autres possibilités ?