Mancheron Alban

Mancheron Alban

Enseignant-chercheur en bioinformatique - Université de Montpellier

8 article(s)
Description

Titulaire d'un Doctorat en Informatique de l'Université de Nantes, Alban Mancheron a ensuite travaillé successivement à l'Université des Antilles et de la Guyane (DSI de Schœlcher en Martinique), à l'INRIA (centre de Lille), au CNRS (Montpellier). Il est en poste à la Faculté des Sciences de l'Université de Montpellier depuis 2011 (équipe MAB du LIRMM).

Ses enseignements sont répartis entre l'informatique et la bioinformatique et sa recherche porte principalement sur l'indexation et la comparaison in silico de séquences biologiques.

Signature
Enseignant-chercheur en bioinformatique - Université de Montpellier
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Articles de l'auteur

¡ Viva la libertad !

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
254
Mois de parution
décembre 2021
Spécialité(s)
Résumé

Vous avez certainement entendu parler du changement des conditions d’utilisation de l’application WhatsApp et de la nécessité de se tourner vers une solution alternative. Je vous propose à travers ce faux problème de comprendre d’une part les stratégies techniques et technologiques sur lesquelles s’appuient les différents outils, mais également les modèles économiques sur lesquels ces outils sont basés. À l’issue de cet article, peut-être trouverez-vous l’application qui vous convient.

Voyage initiatique vers la bioinformatique : en route pour l’aventure

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
253
Mois de parution
novembre 2021
Spécialité(s)
Résumé

Dans un précédent article [1], nous avions découvert la suite EMBOSS et mis en évidence des régions d’intérêt de la séquence nucléique de référence du virus SARS-CoV-2. Nous allons donc continuer le chemin en exploitant de nouveaux outils, certains issus de la bioinformatique et d’autres issus de la communauté linuxienne.

Voyage initiatique vers la bioinformatique : les premiers pas

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
251
Mois de parution
septembre 2021
Spécialité(s)
Résumé

Nul n’est besoin de convaincre que les systèmes GNU/Linux sont un atout majeur dans l’évolution des connaissances de nombreuses disciplines. C’est particulièrement le cas dans l’étude et la compréhension du vivant, qui a permis l’essor ces dernières décennies de cette « trans-discipline » qu’est la bioinformatique. Voyons à travers cette série de 3 articles comment les outils existants pour notre OS favori permettent d’appréhender la découverte d’un nouvel organisme.

C’est l’histoire d’un make…

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
247
Mois de parution
avril 2021
Spécialité(s)
Résumé

L’outil make permet de fabriquer des fichiers selon des règles de production décrites dans une syntaxe très simple. Dans cet article, nous allons explorer les grands principes de l’écriture de ces règles et pour ceux qui ne sont pas encore familiers de cet outil, vous faire regretter d’avoir attendu si longtemps pour le connaître…

Conservez l’historique de vos commandes pour chaque projet, le retour

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
241
Mois de parution
octobre 2020
Spécialité(s)
Résumé

Pouvoir conserver un historique dédié pour chaque projet, voici l’idée géniale énoncée par Tristan Colombo dans un précédent article de GLMF [1]. Cet article reprend ce concept génial (je l’ai déjà dit?) et l’étoffe en simplifiant son installation et en ajoutant quelques fonctionnalités (comme l’autodétection de projets versionnés pour proposer à l’utilisateur d’activer un historique dédié, si ce n’est pas le cas).

Une introduction à la programmation parallèle avec Open MPI et OpenMP

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
HS n°
Numéro
99
Mois de parution
novembre 2018
Spécialité(s)
Résumé

Alors que nos machines utilisent plusieurs processeurs et que fleurissent de plus en plus de centres de calculs distribués, la plupart des algorithmes que nous concevons sont pensés pour une exécution séquentielle. Explorons les possibilités ouvertes par l’implémentation des standards OpenMP (Open Multi-Processing) et MPI (Message Passing Interface) pour le langage C/C++.