Voyage initiatique vers la bioinformatique : en route pour l’aventure

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
Numéro
253
Mois de parution
novembre 2021
Spécialité(s)


Résumé

Dans un précédent article [1], nous avions découvert la suite EMBOSS et mis en évidence des régions d’intérêt de la séquence nucléique de référence du virus SARS-CoV-2. Nous allons donc continuer le chemin en exploitant de nouveaux outils, certains issus de la bioinformatique et d’autres issus de la communauté linuxienne.


Où en étions-nous ? Ah oui, je me souviens…

Nous avions récupéré quelques séquences de SARS-CoV-2, dont la séquence de référence du virus (NC_045512.2). Nous avions également installé et pris en main la suite EMBOSS [2,3], ce qui nous avait permis de commencer l’analyse des séquences récupérées. Nous avions notamment mis en évidence des régions de la séquence de référence, appelées ORF (Open Reading Frames – cadres ouverts de lecture), qui correspondent à de potentielles protéines que le virus ferait produire par l’organisme hôte (celui qu’il squatte sans vergogne) et qui lui permettent de se reproduire. Ah oui, j’avais oublié. La biologie est ici présentée sous un angle assez imagé et peut parfois piquer les yeux des puristes (donc, si vous avez dans votre entourage des biologistes, n’essayez pas de frimer en reprenant mes propos, cela pourrait tourner à votre désavantage). Par exemple, vous pouvez tout à fait vous représenter un...

Cet article est réservé aux abonnés. Il vous reste 98% à découvrir.
S'abonner à Connect
  • Accédez à tous les contenus de Connect en illimité
  • Découvrez des listes de lecture et des contenus Premium
  • Consultez les nouveaux articles en avant-première
Je m'abonne


Article rédigé par

Par le(s) même(s) auteur(s)

Scripting Shell : configurer sa tablette Wacom en quelques heures

Magazine
Marque
GNU/Linux Magazine
HS n°
Numéro
119
Mois de parution
avril 2022
Spécialité(s)
Résumé

Cet article s’adresse principalement à celles et ceux qui auraient une tablette de la marque Wacom à configurer. Pour les autres, c’est l’occasion de lire quelques lignes de Bash et de (re)découvrir quelques commandes comme xbindkeys ou encore notify-send (donc un petit plaisir pour les yeux).

Les derniers articles Premiums

Les derniers articles Premium

Stubby : protection de votre vie privée via le chiffrement des requêtes DNS

Magazine
Marque
Contenu Premium
Spécialité(s)
Résumé

Depuis les révélations d’Edward Snowden sur l’espionnage de masse des communications sur Internet par la NSA, un effort massif a été fait pour protéger la vie en ligne des internautes. Cet effort s’est principalement concentré sur les outils de communication avec la généralisation de l’usage du chiffrement sur le web (désormais, plus de 90 % des échanges se font en HTTPS) et l’adoption en masse des messageries utilisant des protocoles de chiffrement de bout en bout. Cependant, toutes ces communications, bien que chiffrées, utilisent un protocole qui, lui, n’est pas chiffré par défaut, loin de là : le DNS. Voyons ensemble quels sont les risques que cela induit pour les internautes et comment nous pouvons améliorer la situation.

Surveillez la consommation énergétique de votre code

Magazine
Marque
Contenu Premium
Spécialité(s)
Résumé

Être en mesure de surveiller la consommation énergétique de nos applications est une idée attrayante, qui n'est que trop souvent mise à la marge aujourd'hui. C'est d'ailleurs paradoxal, quand on pense que de plus en plus de voitures permettent de connaître la consommation instantanée et la consommation moyenne du véhicule, mais que nos chers ordinateurs, fleurons de la technologie, ne le permettent pas pour nos applications... Mais c'est aussi une tendance qui s'affirme petit à petit et à laquelle à terme, il devrait être difficile d'échapper. Car même si ce n'est qu'un effet de bord, elle nous amène à créer des programmes plus efficaces, qui sont également moins chers à exécuter.

Donnez une autre dimension à vos logs avec Vector

Magazine
Marque
Contenu Premium
Spécialité(s)
Résumé

Avoir des informations précises et détaillées sur ce qu’il se passe dans une infrastructure, et sur les applications qu'elle héberge est un enjeu critique pour votre business. Cependant, ça demande du temps, temps qu'on préfère parfois se réserver pour d'autres tâches jugées plus prioritaires. Mais qu'un système plante, qu'une application perde les pédales ou qu'une faille de sécurité soit découverte et c'est la panique à bord ! Alors je vous le demande, qui voudrait rester aveugle quand l'observabilité a tout à vous offrir ?

Les listes de lecture

9 article(s) - ajoutée le 01/07/2020
Vous désirez apprendre le langage Python, mais ne savez pas trop par où commencer ? Cette liste de lecture vous permettra de faire vos premiers pas en découvrant l'écosystème de Python et en écrivant de petits scripts.
11 article(s) - ajoutée le 01/07/2020
La base de tout programme effectuant une tâche un tant soit peu complexe est un algorithme, une méthode permettant de manipuler des données pour obtenir un résultat attendu. Dans cette liste, vous pourrez découvrir quelques spécimens d'algorithmes.
10 article(s) - ajoutée le 01/07/2020
À quoi bon se targuer de posséder des pétaoctets de données si l'on est incapable d'analyser ces dernières ? Cette liste vous aidera à "faire parler" vos données.
Voir les 53 listes de lecture

Abonnez-vous maintenant

et profitez de tous les contenus en illimité

Je découvre les offres

Déjà abonné ? Connectez-vous