GNU/Linux Magazine HS n° 073 - 11/07/2014


Calcul scientifique avec SciPy

GNU/Linux Magazine HS n° 073 | juillet 2014 | Sébastien Chazallet
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SciPy est l'autre grande bibliothèque pour le calcul scientifique. Pour être plus précis, il s'agit aussi d'un projet qui a pour vocation de réunir diverses bibliothèques en une seule (dont NumPy et Matplotlib), le tout offrant un large ensemble de fonctionnalités dédiées au calcul scientifique.

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Python et le format HDF5

GNU/Linux Magazine HS n° 073 | juillet 2014 | Tristan Colombo
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Il arrive que l'on souhaite traiter de très grandes quantités de données. Ces données doivent être stockées dans un ou plusieurs fichiers pour lesquels on va choisir une structure permettant un traitement le plus simple et le plus rapide possible. Les formats « standards » de fichier ne seront pas toujours suffisamment efficaces en fonction de...

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Visualisation scientifique avec Matplotlib

GNU/Linux Magazine HS n° 073 | juillet 2014 | Nicolas P. Rougier
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Matplotlib est une librairie graphique 2D (avec un support partiel de la 3D), qui est la librairie standard pour la visualisation scientifique. Elle permet notamment d'exporter vers tous les formats standards de publication (vectoriel ou bitmap) et peut être aussi utilisée pour simplement faire du graphisme.

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Astropy : une bibliothèque Python pour l'astrophysique, mais pas que...

GNU/Linux Magazine HS n° 073 | juillet 2014 | Christian Surace
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Python s'est installé assez rapidement dans le monde de la recherche en astrophysique. Balayé par le vent Python, une communauté internationale de chercheurs, ingénieurs et astrophysiciens a mis en place une bibliothèque qui regroupe les méthodes et fonctions indispensables pour les développements de programmes de traitement de données en...

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La bioinformatique avec Biopython

GNU/Linux Magazine HS n° 073 | juillet 2014 | Olivier Dameron - Gregory Farrant
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Pour faire face aux défis de la biologie, la bioinformatique propose des modules qui permettent de rendre accessibles des fonctions basiques et avancées d’analyse de données. Les données traitées sont en général des séquences d'ADN qu’il s’agira d’identifier, d’aligner et d'analyser grâce à la littérature scientifique. Les formats les...

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Programmation parallèle

GNU/Linux Magazine HS n° 073 | juillet 2014 | Sébastien Chazallet
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Quel peut être l'intérêt de paralléliser un traitement ? Pourquoi et comment cela rend-il le programme plus rapide ? Quelle est la différence entre tâches et processus ? Lequel utiliser pour résoudre ma problématique ? Entrez dans les méandres de la programmation parallèle et découvrez à quel point paralléliser un programme peut être...

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Parallélisez vos traitements en les confiant à votre GPU !

GNU/Linux Magazine HS n° 073 | juillet 2014 | Sébastien Chazallet
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Lorsque l'on réalise certaines opérations complexes, la recherche de performances est une clé importante. Il y a beaucoup d'options pour rendre un algorithme performant, mais on n'a pas forcément accès à un serveur de 32 processeurs et disposant de 64 Go de RAM ! On se contente en général d'un seul CPU dont les meilleurs ont deux, quatre ou huit...

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