Nul n’est besoin de convaincre que les systèmes GNU/Linux sont un atout majeur dans l’évolution des connaissances de nombreuses disciplines. C’est particulièrement le cas dans l’étude et la compréhension du vivant, qui a permis l’essor ces dernières décennies de cette « trans-discipline » qu’est la bioinformatique. Voyons à travers cette série de 3 articles comment les outils existants pour notre OS favori permettent d’appréhender la découverte d’un nouvel organisme.

Dans un précédent article [1], nous avions découvert la suite EMBOSS et mis en évidence des régions d’intérêt de la séquence nucléique de référence du virus SARS-CoV-2. Nous allons donc continuer le chemin en exploitant de nouveaux outils, certains issus de la bioinformatique et d’autres issus de la communauté linuxienne.

Dans les précédents articles [1, 2], nous avions découvert quelques outils d’analyse bioinformatique et procédé à une première analyse d’une région d’intérêt du virus SARS-CoV-2. Nous allons avec ce dernier opus finir d’explorer la structure de cet organisme et illustrer encore une fois l’incidence du modèle linuxien sur les progrès dans les sciences.

Pour faire face aux défis de la biologie, la bioinformatique propose des modules qui permettent de rendre accessibles des fonctions basiques et avancées d’analyse de données. Les données traitées sont en général des séquences d'ADN qu’il s’agira d’identifier, d’aligner et d'analyser grâce à la littérature scientifique. Les formats les plus utilisés en bioanalyse, comme les formats FASTA et GenBank demeurent par certains aspects difficiles à manipuler. Nous vous proposons un didacticiel qui introduira les fonctions de Biopython, un module Python dédié à la manipulation de données biologiques dans le cadre de l’analyse complète d’une séquence d’ADN.

Les protéines sont des composants biologiques importants constitués par l'assemblage de briques élémentaires, les acides aminés. L'organisation tridimensionnelle d'une protéine est cependant difficile à prédire à partir de la succession d'acides aminés. Dans cet article, nous allons détailler une étape importante dans le processus de construction d'un modèle tridimensionnel, la prédiction d'éléments de structure secondaire remarquables.